La Serie D 2016-17 prenderà il via domenica 4 settembre alle ore 15 con la prima giornata e si chiuderà domenica 7 maggio 2017 alle ore 15. L'organico, tornato a 162 squadre dopo due stagioni extra large, ha permesso al Dipartimento Interregionale di stilare nove gironi a 18 squadre quindi con 34 giornate. Come da tradizione la Serie D avrà un andamento lineare con un solo turno infrasettimanale giovedì 8 dicembre 2016. Il girone d’andata si chiuderà domenica 18 dicembre. Dopo la lunga sosta natalizia, per questa stagione sono previsti quasi venti giorni di riposo, il campionato riprende con la prima di ritorno domenica 8 gennaio. La sosta per l'impegno della Rappresentativa alla Viareggio Cup cadrà il 12 marzo mentre per la Pasqua la 14esima di ritorno sarà anticipata a giovedì 13 aprile. Per le prime otto giornate il calcio d'inizio è fissato per le ore 15. Dalla nona d'andata alla decima di ritorno le gare prenderanno il via alle 14.30 per tornare alle 15 dall'11esima di ritorno fino al termine del campionato.

Di seguito il calendario completo della Pro Patria